In de procedures die onderhandelingen toelaten kunnen er verschillende scenario’s plaatsvinden. Zo is er het eerste scenario, waarbij de eerste offertes worden ingediend door de inschrijvers, waarna er een discussie over de inhoud hiervan volgt. Na deze onderhandeling wordt er een BAFO (best and final offer) ingediend, waarna de procedure wordt gesloten.
Een tweede mogelijk scenario is dat er sprake zal zijn van meerdere onderhandelingsrondes. Hierbij kunnen er een of meerdere tussenoffertes (tussen de eerste en finale offerte) worden ingediend waarna er onderhandeld wordt. Het belangrijkste hierbij is dat als er eenmaal om een finale offerte (BAFO) wordt gevraagd, er hierna niet meer onderhandeld kan worden.
Tot slot is er nog het laatst mogelijke scenario, welke de aanbesteder in staat stelt om alsnog over te gaan tot een directe gunning op basis van de eerste offerte. Dit is niet altijd toegelaten, en alleen mogelijk indien er in het bestek duidelijk staat vermeld dat de aanbesteder zich voorbehoudt om na de eerste offertes over te gaan op een directe gunning.
In principe kan er over alles worden onderhandeld. De aanbesteder is er vrij in om te kiezen over welk onderdeel van de offerte wordt gediscussieerd. Denk hierbij aan de prijs, maar ook aan de termijnen en de inhoud van de offertes in het algemeen. Wel is het verboden om te onderhandelen over de definities en de weging van de gunningscriteria. Het is uiteraard niet verboden om te onderhandelen over de inhoud van de offertes in het licht van de weerhouden gunningscriteria. Bijvoorbeeld bij de prijs als gunningscriterium is het wel toegelaten om inschrijvers te vragen de prijs van de offerte te verlagen.
Het onderhandelen over de minimumeisen is in principe ook niet toegelaten. Het lastige hierbij is dat de wet de term minimumeisen niet verder definieert. Er wordt geïmpliceerd dat minimumeisen de eisen zijn die de aanbesteder zelf kwalificeert als minimumeisen in de opdrachtdocumenten. Enkel in procedures zonder voorafgaande bekendmaking zijn onderhandelingen over de minimumeisen toegelaten op voorwaarde dat de geraamde waarde van de opdracht niet in de opdrachtdocumenten uitgesloten wordt.
Het doel van een onderhandeling is altijd om er een verbeterde offerte aan over te houden. In een onderhandelingsprocedure is het dan ook zeer raadzaam om op voorhand een document op te stellen met de richtlijnen van de verwachte inhoud van de verbeterde offertes in het licht van het betrokken criterium. Dit kan zijn over de prijs, maar ook over andere criteria. Dit document dient uiteraard, volgens het gelijkheidsbeginsel, gecommuniceerd te worden aan alle inschrijvers.
Verder is het voor een onderhandeling over de prijs extra rekening te houden met het vertrouwelijkheidsbeginsel. Is het bijvoorbeeld toegelaten om de prijs van de andere offertes aan de inschrijver mede te delen? Een oplossing hiervoor zou kunnen zijn is om een gemiddelde prijs van de offertes te communiceren, in de hoop dat de inschrijver zijn prijs in de volgende offerte zal verlagen.